Trong “Nhiếp Đại thừa luận” và “Đại Thừa Trang Nghiêm Kinh luận” cho rằng tất cả pháp đều lấy y tha khởi làm trung tâm, y tha khởi là tâm và tâm sở pháp mà lấy thức thứ tám A-lại-da làm nơi y cứ. Nói y tha khởi có hai nghĩa: 1. Y nhân nương duyên mà sanh khởi; 2. Tánh thanh tịnh tạp nhiễm không thành.
Nhưng một số học giả Duy thức chú trọng ý nghĩa y nhân nương duyên mà sanh khởi, đối với ý nghĩa tánh thanh tịnh tạp nhiễm không thành, hình như không bàn luận đến. Tạp nhiễm là pháp hữu lậu tạp nhiễm, thanh tịnh là pháp vô lậu thanh tịnh; y tha khởi là thông suốt qua tạp nhiễm và thanh tịnh mà nó lại không có tính quyết định, có thể bị nhiễm ô rồi trở thành biến kế sở chấp tánh, cũng có thể thanh tịnh mà trở thành viên thành thật tánh. Tạp nhiễm thanh tịnh không thành, cuối cùng có ý nghĩa như thế nào? Từ chủng tử sanh hiện hành mà nói thì Duy thức gia cho rằng: chủng tử và hiện hành của hữu lậu và vô lậu là có thể tánh cách biệt, có sự khẳng định hữu lậu không thể thành vô lậu, vô lậu không thể thành hữu lậu; tại sao nói là không thành? Đây chính là y tha khởi có đầy đủ hai ý nghĩa. Như khoáng sản mới khai thác chỉ toàn là đất cát chưa tìm thấy được vàng bạc, sau khi trải qua tôi luyện thì vàng bạc lúc này mới hiển hiện ra, điều này biết được khoáng sản vốn tồn tại hai loại tính chất vàng bạc và đất cát, trước khi chưa tôi luyện chỉ thấy đất cát chưa thấy vàng bạc; sau khi tôi luyện thì toàn vàng bạc không còn đất cát, đây không phải tuỳ theo nhân duyên mà hiện nhiễm hoặc tịnh mà tính là không thành (cố định) hay sao? Y tha khởi có hai phần, chúng sanh trong sanh tử lưu chuyển, tuy chỉ thấy tạp nhiễm, kỳ thật cũng có thanh tịnh nên chúng sanh mới có thể chuyển nhiễm ô thành thanh tịnh, từ phàm phu đến Thánh giả. Nếu chuyên lấy (theo nghĩa của Duy thức gia) pháp tính chơn như là vàng bạc, hoặc lấy vô lậu chủng tử là vàng bạc thì đều không viên mãn. Y tha có đầy đủ phần thanh tịnh tức tánh thể mà hàm chứa tịnh diệu tướng dụng (trong chúng sanh có thể gọi là vô lậu chủng tử). Trong “luận Trang Nghiêm” v.v…
Nói: “chúng sanh xưa nay hiển hiện hư vọng, Như Lai xưa nay hiển hiện chơn thật” chơn thật sao lại chỉ là lý tánh không hư vọng! Y tha khởi có đủ hai phần, còn luận thì nói thức A-lại-da có nghĩa giác và bất giác. Loại tư tưởng này vốn là ở trong kinh điển Đại thừa, nhưng như “Thành Duy Thức luận” thì có khuynh hướng theo tư tưởng Tiểu thừa của phái Nhất Thiết Hữu bộ, không nói y tha khởi có hai phần, không nói tạp nhiễm thanh tịnh tánh không thành, nhưng nói: tạp nhiễm sanh tạp nhiễm, thanh tịnh sanh thanh tịnh. Bỏ qua hai phần này của y tha khởi thì làm sao mà chuyển tạp nhiễm thành thanh tịnh, tức là viên thành thật tánh; chỉ chuyên nói chuyển tạp nhiễm y tha, sanh khởi thanh tịnh y tha. Chủng tử và hiện hành của thanh tịnh y tha đều là sanh diệt hữu vi, không thể tương tức với chơn tánh vô vi vô sanh diệt. Họ tự cho rằng như vậy là phân biệt thể và dụng rất tinh tế, nhưng đây chỉ là có khuynh hướng theo luận Đại thừa thuộc hệ Tiểu thừa Nhất Thiết Hữu bộ, còn trong kinh luận của Đại thừa, không nhất định cho là như vậy. Nghĩa giác và bất giác trong luận, chính là căn nguyên của nhiễm ô và thanh tịnh, không thể xem đó là ngoài tâm mà có, cũng không thể xem đó là chủng tử của Duy Thức tông. Pháp hư vọng tạp nhiễm của bất giác lấy thức làm tánh, pháp thanh tịnh của giác lấy trí làm tánh; đây thuyết minh được pháp tạp nhiễm sanh tử lấy vô minh trụ địa làm gốc; còn pháp giải thoát hoàn diệt lấy trí tuệ làm gốc, tức phù hợp với tánh công năng của Như Lai tạng làm căn bản. Trong “Kinh Nhơn Vương” nói: “một niệm thức đầu tiên, sanh được thiện sanh được ác, thiện làm căn bản cho vô lượng thiện pháp, ác làm căn bản cho vô lượng ác pháp”. Thiện pháp lấy thiện làm gốc, ác pháp lấy ác làm căn bản; thiện và ác chính là sự khác nhau giữa vô lậu và hữu lậu, phù hợp với ý nghĩa của Luận này.
Luận nói về hai nghĩa giác và bất giác; giác chỉ bản giác là xưa nay có tánh trí tuệ đầy đủ (thuyết huân tập của Kinh Lượng bộ là điểm y cứ của Duy Thức tông, huân tập là tân huân), điều này trong bộ phái Tiểu thừa cũng có thảo luận, nhưng không phù hợp với phái Nhất Thiết Hữu bộ. Như trong các bộ phái Thanh văn có thành lập nhất tâm tương tục bản tánh thanh tịnh tức giác tánh. Lại có chủ trương: “Đạo không thể hoại” hoại tức là biến dị; đạo không thể biến dị tức là nói đạo có đặc tính thường trụ bất biến, lại cho: “Đạo không thể tu”. Đạo là bản lai thường tại; bản lai thường tại thì không phải tu tập có thể khiến nó sanh mới được, đạo không có khả năng tu tập sanh mới được thì khẳng định không thể tu tập từ văn tư và tu v.v… để phát sanh thánh đạo; do đó lại nói: “Đạo do phước đức hiển hiện”. Tu hành bố thí, trì giới, thiền định v.v…, có thể khiến đạo do đây mà hiển phát ra nhưng không phải là mới sanh, như vậy “đạo là vô vi”, các điều này không đồng với hữu vi vô lậu chủng tử, vô lậu thánh đạo của Duy Thức tông; nhưng với tất cả kinh điển Đại thừa thì nói đạo là chơn thường, nói tâm tánh bản tịnh và với tư tưởng của luận lại rất tương cận. Duy Thức tông phê bình bác bỏ bản giác, cho rằng nếu chúng sanh có bản giác thì tại làm sao chúng sanh chỉ là chúng sanh không phải là thánh nhân! Đây giống như: trong cây gỗ có tồn tại cực vi của lửa, song tại sao không cháy? Thử hỏi: Chúng sanh có vô lậu chủng tử tại làm sao không thành thánh nhân! Như nói đây vẫn ở dạng tiềm năng chưa được hiện hành thì như vậy bản giác vẫn còn ở dạng tiềm năng chưa phát huy hiển hiện!
Cựu dịch “Kinh Nhơn Vương” có nói: “Tự tánh thanh tịnh gọi là giác tánh tát-bà-nhã; bản nghiệp chúng sanh là điểm tu hành của chư Phật Bồ-tát”. Tân dịch thì: “Tự tánh thanh tịnh gọi là tánh bản giác tức là nhất thiết trí trí của chư Phật; do đây là căn bản của chúng sanh, cũng là điểm tu hành của chư Phật và Bồ-tát.” Đây xác định bản giác là chỉ cho giác tánh bất sanh bất diệt; chúng sanh cũng có đặc tính của giác hiểu này, đây cũng là nhân tố căn bản để tu hành thành Phật. Nếu như không bị giới hạn bởi ý nghĩa thuộc hệ thống Nhất Thiết Hữu, còn từ ý nghĩa thuộc hệ Đại Chúng bộ thì có thể thông với kinh điển Đại thừa, đây là điều không có gì khó hiểu!